|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků pomocí nukleotidových denzitních vektorů
Sikorová, Eva ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v sekvencích DNA pomocí nukleotidových denzitních vektorů. První část práce obsahuje náhled na strukturu DNA, expresi genetické informace, podrobnější rozbor CpG ostrůvku a především metody jejich detekce. V praktické části byl v prostředí MATLAB realizován algoritmus pro grafické zobrazení nukleotidů na základě jejich denzit a detekci CpG ostrůvků z uměle vytvořených i reálných sekvencí DNA. Součástí práce je analýza dvaceti sekvencí s očekávaným obsahem CpGIs a srovnání výsledků vytvořeného programu s dvěma internetovými vyhledávači.
|
|
|
Analýza epigenetického profilu u pacientů s neurovývojovým onemocněním
Vítková, Magdalena ; Steiner Mrázová, Lenka (vedoucí práce) ; Krejčík, Zdeněk (oponent)
Neurovývojová onemocnění (NDD) jsou onemocnění charakterizována abnormálním vývojem centrálního nervového systému a mozku, zároveň mohou být spojena se specifickou změnou metylace DNA. Rychlý rozvoj sekvenačních technik především celogenomového (whole genome sequencing; WGS) a celoexomového sekvenování (whole exome sequencing, WES) napomohl k odhalení celé řady genů spojených s NDD. Problémem v diagnostice pacientů s NDD zůstává určení patogenity nalezených variant. Analýza metylačních profilů pomocí mikročipů nebo metylačního sekvenování u pacientů s NDD nesoucí variantu nejasného významu (variant of uncertain signifikance, VUS) může poskytnout cenné informace k řešení tohoto problému. V této diplomové práci je ukázána možnost využití těchto přístupů k funkční klasifikaci nalezených variant v genech KDM5C, ARID1B, ATRX, BRWD3 a KDM5C. Cílem bylo zjistit, zda u pacientů s NDD v porovnání s dalšími probandy a zdravými kontrolami dochází ke změnám v epigenetickém profilu, na jehož základě by mohla být potvrzena diagnóza. Klíčová slova: epigenetický profil, DNA metylace, histonová modifikace, NDD, KDM5C, ARID1B, ATRX, BRWD3
|
|
|
Role paternálního H4K12ac při utváření pronukleí a v časné embryogenezi u myší.
Dudková, Barbora ; Hortová, Kateřina (vedoucí práce) ; Stopka, Tomáš (oponent)
V procesu spermatogeneze jsou histony spermie nahrazeny bazickými proteiny protaminy, které usnadňují transport DNA do vajíčka v průběhu oplození. Pouze 1% histonů, jejichž N- terminální konce mohou být post-translačně modifikovány, zůstává ve zralé myší spermii zachováno. V této práci se zabývám konkrétní modifikací, a to acetylací lysinu 12 na histonu H4 (H4K12ac). Fyziologicky tato modifikace představuje důležitý faktor uplatňující se jako signál pro akumulaci transkripčních faktorů a pro vlastní zahájení genové exprese. Přítomnost a intenzita zastoupení H4K12ac v různých pronukleárních stádiích jednobuněčných embryí a partenogenetických vajíček byla hodnocena imunofluorescenčně s využitím anti-H4K12ac protilátky. Paternální prvojádro vykazuje silný acetylační signál na lysinu 12 histonu H4 od počátečních stádií prvojader, zatímco u maternálního prvojádra signál narůstá kontinuálně až do fúze pronukleí. Současně s H4K12ac byl sledován i stupeň DNA metylace u obou prvojader. K detekci stupně DNA metylace bylo využito anti-5mC a anti-5hmC protilátek. Paternální prvojádro je od svého vzniku postupně demetylováno, snižuje se abundance 5mC signálu a zesiluje se signál 5hmC. Maternální prvojádro si zachovává silný stupeň metylace. Obecně jsou H4K12ac a DNA demethylace modifikace, které aktivují genom...
|
|
|
Methylation profile in malignancy
Stojčeva, Nina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Vondrejs, Vladimír (oponent)
Epigenetické změny reprezentují chemické modifikace DNA molekuly a histonových proteinů, které mohou ovlivňovat genovou expresi. Mezi ně patří i DNA metylace představující známý mechanismus umlčení tumor supresorových a DNA reparačních genů při karcinogenezi. Byl proveden velký počet studií za účelem identifikace metylačních profilů těchto genů v různých lidských nádorech. V naši studii, zahrnující 45 pacientů se sporadickým kolorektálním nádorem a 12 pacientů s nádorem hlavy a krku, jsme vyšetřili metylační profil promotorových oblastí osmi "mismatch" reparačních genů (MLH1, MSH2, MSH3, MLH3, PMS1, PMS2, MSH6 a EXO1). Metylace promotorů byla detekována v genech MLH1 a MLH3. Výsledky obou skupin pacientů byly shodné. Na závěr můžeme shrnout, že metylační profily promotorových oblastí genů MLH1 a MLH3 mohou být považovány za potenciální kandidáty epigenetických biomarkerů kolorektálního nádoru, případně i nádoru hlavy a krku. Domníváme se, že by měl být proveden další výzkum, který by potvrdil tuto představu.
|
|
|
Epigenetic control of PU.1 gene transcription during development of 5-Azacytidine resistance in acute myeloid leukemia
Křtěnová, Petra ; Burda, Pavel (vedoucí práce) ; Čuřík, Nikola (oponent)
Hematopoéza je vysoce koordinovaný proces, ve kterém hematopoetická kmenová buňka dává vzniknout všem krevním buněčným elementům. Pro myeloidní a lymfoidní vývoj je nezbytná přísná regulace exprese transkripčního faktoru PU.1. Delece PU.1 u myši je letální a jeho deregulace během vývoje hematopoetických buněk je spojena s hematologickými malignitami jako je akutní myeloidní leukémie (AML) a myelodysplastický syndrom (MDS). MDS a AML jsou závažné poruchy krvetvorby charakterizované expanzí nezralých krevních buněk a nedostatkem diferencovaných funkčních buněk. V patofyziologii leukemogeneze hrají významnou roli nejenom genetické, ale také epigenetické aberace. Deregulace PU.1 související s epigenetickými změnami na regulačních oblastech PU.1 genu představuje intenzivně studovaný mechanismus. Moderní terapie MDS a určité skupiny AML pacientů je založena na léčbě DNA hypometylačními látkami jako je 5-azacytidine (AZA), který ovlivňuje, mimo jiné, i regulaci PU.1 genu. Léčba AZA však často selhává a mechanismy rezistence nejsou příliš známy. V této práci prezentujeme výsledky z klonů rezistentních na AZA připravených z MDS/AML buněčné linie OCI-M2. Analyzovali jsme DNA metylace a hydroxymetylace na klíčovém regulačním elementu genu PU.1 (URE). Zjistili jsme, že epigenetické modifikace na URE značně ovlivňují...
|
|
|
Role paternálního H4K12ac při utváření pronukleí a v časné embryogenezi u myší.
Dudková, Barbora ; Hortová, Kateřina (vedoucí práce) ; Stopka, Tomáš (oponent)
V procesu spermatogeneze jsou histony spermie nahrazeny bazickými proteiny protaminy, které usnadňují transport DNA do vajíčka v průběhu oplození. Pouze 1% histonů, jejichž N- terminální konce mohou být post-translačně modifikovány, zůstává ve zralé myší spermii zachováno. V této práci se zabývám konkrétní modifikací, a to acetylací lysinu 12 na histonu H4 (H4K12ac). Fyziologicky tato modifikace představuje důležitý faktor uplatňující se jako signál pro akumulaci transkripčních faktorů a pro vlastní zahájení genové exprese. Přítomnost a intenzita zastoupení H4K12ac v různých pronukleárních stádiích jednobuněčných embryí a partenogenetických vajíček byla hodnocena imunofluorescenčně s využitím anti-H4K12ac protilátky. Paternální prvojádro vykazuje silný acetylační signál na lysinu 12 histonu H4 od počátečních stádií prvojader, zatímco u maternálního prvojádra signál narůstá kontinuálně až do fúze pronukleí. Současně s H4K12ac byl sledován i stupeň DNA metylace u obou prvojader. K detekci stupně DNA metylace bylo využito anti-5mC a anti-5hmC protilátek. Paternální prvojádro je od svého vzniku postupně demetylováno, snižuje se abundance 5mC signálu a zesiluje se signál 5hmC. Maternální prvojádro si zachovává silný stupeň metylace. Obecně jsou H4K12ac a DNA demethylace modifikace, které aktivují genom...
|
|
|
Methylation profile in malignancy
Stojčeva, Nina ; Vodička, Pavel (vedoucí práce) ; Vondrejs, Vladimír (oponent)
Epigenetické změny reprezentují chemické modifikace DNA molekuly a histonových proteinů, které mohou ovlivňovat genovou expresi. Mezi ně patří i DNA metylace představující známý mechanismus umlčení tumor supresorových a DNA reparačních genů při karcinogenezi. Byl proveden velký počet studií za účelem identifikace metylačních profilů těchto genů v různých lidských nádorech. V naši studii, zahrnující 45 pacientů se sporadickým kolorektálním nádorem a 12 pacientů s nádorem hlavy a krku, jsme vyšetřili metylační profil promotorových oblastí osmi "mismatch" reparačních genů (MLH1, MSH2, MSH3, MLH3, PMS1, PMS2, MSH6 a EXO1). Metylace promotorů byla detekována v genech MLH1 a MLH3. Výsledky obou skupin pacientů byly shodné. Na závěr můžeme shrnout, že metylační profily promotorových oblastí genů MLH1 a MLH3 mohou být považovány za potenciální kandidáty epigenetických biomarkerů kolorektálního nádoru, případně i nádoru hlavy a krku. Domníváme se, že by měl být proveden další výzkum, který by potvrdil tuto představu.
|
|
|
Vyhledávání CpG ostrůvků pomocí nukleotidových denzitních vektorů
Sikorová, Eva ; Provazník, Ivo (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním CpG ostrůvků v sekvencích DNA pomocí nukleotidových denzitních vektorů. První část práce obsahuje náhled na strukturu DNA, expresi genetické informace, podrobnější rozbor CpG ostrůvku a především metody jejich detekce. V praktické části byl v prostředí MATLAB realizován algoritmus pro grafické zobrazení nukleotidů na základě jejich denzit a detekci CpG ostrůvků z uměle vytvořených i reálných sekvencí DNA. Součástí práce je analýza dvaceti sekvencí s očekávaným obsahem CpGIs a srovnání výsledků vytvořeného programu s dvěma internetovými vyhledávači.
|
host ::
RSS.